Reference Panels
The refpanels
command can be used to list available reference panels of all configured instances. In addition, it lists all supported populations that can be used for quality control.
Examples
imputationbot refpanels
Output:
imputation-bot 1.0.0 ๐ค
https://imputationserver.sph.umich.edu
(c) 2019 Lukas Forer, Sebastian Schoenherr and Christian Fuchsberger
Built by null on null
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโคโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโคโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโคโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ ID โ Name โ Populations โ Instance โ
โ โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโชโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโชโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโชโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฃ
โ 1000g-phase-1 โ 1000G Phase 1 v3 Shapeit2 (no singletons) (GRCh37/hg19) โ afr AFR โ Michigan Imputation Server โ
โ โ โ amr AMR โ โ
โ โ โ asn ASN โ โ
โ โ โ eur EUR โ โ
โ โ โ mixed Other/Mixed โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโข
โ 1000g-phase-3-v5 โ 1000G Phase 3 v5 (GRCh37/hg19) โ afr AFR โ Michigan Imputation Server โ
โ โ โ amr AMR โ โ
โ โ โ eas EAS โ โ
โ โ โ sas SAS โ โ
โ โ โ eur EUR โ โ
โ โ โ mixed Other/Mixed โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโข
โ caapa โ CAAPA African American Panel (GRCh37/hg19) โ AA African Americans โ Michigan Imputation Server โ
โ โ โ mixed Other/Mixed โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโข
โ genome-asia-panel โ Genome Asia Pilot - GAsP (GRCh37/hg19) โ asn ASN โ Michigan Imputation Server โ
โ โ โ mixed Other/Mixed โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโข
โ hapmap-2 โ HapMap 2 (GRCh37/hg19) โ eur EUR โ Michigan Imputation Server โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโข
โ hrc-r1.1 โ HRC r1.1 2016 (GRCh37/hg19) โ eur EUR โ Michigan Imputation Server โ
โ โ โ mixed Other/Mixed โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโงโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโงโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโงโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ