Reference Panels

The refpanels command can be used to list available reference panels of all configured instances. In addition, it lists all supported populations that can be used for quality control.

Examples

imputationbot refpanels

Output:

imputation-bot 1.0.0 ๐Ÿค–
https://imputationserver.sph.umich.edu
(c) 2019 Lukas Forer, Sebastian Schoenherr and Christian Fuchsberger
Built by null on null

โ•”โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•คโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•คโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•คโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•—
โ•‘ ID                โ”‚ Name                                                    โ”‚ Populations                 โ”‚ Instance                   โ•‘
โ• โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•ชโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•ชโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•ชโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•ฃ
โ•‘ 1000g-phase-1     โ”‚ 1000G Phase 1 v3 Shapeit2 (no singletons) (GRCh37/hg19) โ”‚ afr       AFR               โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ amr       AMR               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ asn       ASN               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ eur       EUR               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ mixed     Other/Mixed       โ”‚                            โ•‘
โ•Ÿโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ•ข
โ•‘ 1000g-phase-3-v5  โ”‚ 1000G Phase 3 v5 (GRCh37/hg19)                          โ”‚ afr       AFR               โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ amr       AMR               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ eas       EAS               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ sas       SAS               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ eur       EUR               โ”‚                            โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ mixed     Other/Mixed       โ”‚                            โ•‘
โ•Ÿโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ•ข
โ•‘ caapa             โ”‚ CAAPA African American Panel (GRCh37/hg19)              โ”‚ AA        African Americans โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ mixed     Other/Mixed       โ”‚                            โ•‘
โ•Ÿโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ•ข
โ•‘ genome-asia-panel โ”‚ Genome Asia Pilot - GAsP (GRCh37/hg19)                  โ”‚ asn       ASN               โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ mixed     Other/Mixed       โ”‚                            โ•‘
โ•Ÿโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ•ข
โ•‘ hapmap-2          โ”‚ HapMap 2 (GRCh37/hg19)                                  โ”‚ eur       EUR               โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•Ÿโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”ผโ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ”€โ•ข
โ•‘ hrc-r1.1          โ”‚ HRC r1.1 2016 (GRCh37/hg19)                             โ”‚ eur       EUR               โ”‚ Michigan Imputation Server โ•‘
โ•‘                   โ”‚                                                         โ”‚ mixed     Other/Mixed       โ”‚                            โ•‘
โ•šโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•งโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•งโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•งโ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•โ•